In de jaren 1977-1981 was er een grondige restauratie van de kerk. Het meubilair en de orgelkas werden tijdelijk opgeslagen in een loods. Als gevolg van een brand in die loods ging dit alles verloren. Het binnenwerk van het orgel bleef gelukkig gespaard omdat het bij de orgelbouwer was opgeslagen.
Het orgel is in 1882 gebouwd door Karolus Marinus van Puffelen uit Zaltbommel. Deze in 1826 in Middelburg geboren orgelmaker leerde het vak eerst bij J.A.Mennes in Brigdamme en de Rotterdammers Kam & Van der Meulen, later bij Carl Friedrich Naber in Deventer (de maker van o.a. het orgel in de Sint Joriskerk in Amersfoort). In 1863 begon Van Puffelen voor zichzelf en vestigde zich in Zaltbommel. Hij heeft ongeveer 16 orgels gebouwd, voornamelijk in het rivierengebied. Zijn geboortegrond was hij kennelijk niet vergeten, want ook Oost-Souburg (nog geheel intact) en Arnemuiden (afgebroken) kregen een Van Puffelen-instrument.

Zoals de meeste orgels van Van Puffelen is ook het instrument in Kerk-Avezaath van bescheiden omvang: het telt 9 registers met aangehangen pedaal. De instrumenten van Van Puffelen zijn ook in klank bescheiden en ‘beschaafd’, maar zeker geschikt voor de ruimten waarin zij zijn geplaatst. In 1983 heeft Pels & Van Leeuwen het orgel gerestaureerd, maar in een nieuw gemaakte kas. De oorspronkelijke kas was immers door brand verloren gegaan. De kas kreeg een ander aanzien dan de oorspronkelijke. Die was in neogotiek uitgevoerd. Om weer een neogotische kas te maken vond men destijds te duur. Overigens maakte Van Puffelen fronten in zowel neogotische stijl als in meer klassieke vorm.

Literatuur: Orgelvriend februari 1992

Dispositie hoofdorgel:

Bourdon 16                  Aangehangen Pedaal
Prestant 8
Wijd Gedekt 8
Viola da Gamba 8
Clarinet 8 (C-H in Gedekt) Dit register is hier geen tongwerk maar een labiaal.
Fluit 4
Octaaf 2
Cornet III
Trompet 8 B/D